Diplômée de l’école Polytechnique, de l’ENSAE et de l’EHESS, Isabelle Braun-Lemaire a débuté sa carrière à l’INSEE avant de rejointe la direction générale des impôts où elle a occupé plusieurs postes et a notamment été en charge du programme Copernic, projet de modernisation des outils informatiques des services fiscaux. Après avoir été cheffe de service du financement et de la modernisation à la délégation générale à l’emploi et à la formation personnelle, elle est revenue dans le périmètre des ministères économiques et financiers. D’abord en charge de l’Opérateur national de paie et du SCN CISIRH, elle a ensuite été directrice des ressources, adjointe du secrétaire générale.

Elle a exercé comme secrétaire générale de ces mêmes ministères avant d’occuper la fonction de directrice générale des douanes et des droits indirects à compter de 2019.