La DGAL exerce les compétences du ministère de l’agriculture relatives à l'alimentation, à la santé des plantes et des animaux et au contrôle de la qualité des produits agricoles et alimentaires. Elle est composée de deux services : celui du pilotage de la performance sanitaire et de l'international et celui des actions sanitaires.

Le directeur général adjoint est chargé de seconder le directeur général dans l'ensemble de ses attributions et à le représenter en interne comme en externe. Il est plus spécifiquement chargé de veiller au bon fonctionnement et au dialogue social interne de la direction, dans un contexte de transformation de l'organisation et se voit confier la prise en charge de certains dossiers spécifiques par le directeur général.

En sa qualité de CVO, il représente l'autorité vétérinaire nationale auprès des institutions de l'Union européenne et auprès de l'Organisation mondiale de la santé animale (OIE).

Les principaux enjeux auxquel la DGAL doit répondre sont l’élaboration de la réglementation, notamment européenne, concernant l’alimentation et la sécurité sanitaire de la chaine alimentaire, l’élaboration et le pilotage de la politique en matière de bien être animal, ainsi que la conduite de politiques incitatives visant la transition alimentaire et agroécologique de l’alimentation.

Elle doit également élaborer et veiller à la mise en oeuvre, d’une part des politiques de veille, surveillance, prévention et lutte sanitaire concernant les végétaux, animaux et aliments, d’autre part des réglementations relatives à la santé des animaux, à leur identification et à la traçabilité des produits.

Elle gère les alertes, urgences et crises sanitaires dans les domaines animal, végétal et alimentaire.