La secrétaire générale, haute fonctionnaire à la défense et à la sécurité, est assistée de deux directeurs, secrétaires généraux adjoints, et assure une mission générale de coordination des services et de modernisation du ministère. Pour l’exercice de ses missions, le secrétariat général est organisé au niveau central en sept services (ressources humaines, finances et achats, immobilier ministériel, pilotage et du soutien de proximité, expertise et de la modernisation, numérique, accès au droit et à la justice et de l'aide aux victimes) et deux délégations (affaires européennes et internationales et information et la communication) et au niveau territorial en neuf délégations interrégionales.

Au total il s’appuie sur un effectif de plus de 2400 agents. Les principaux enjeux auxquels doit répondre la secrétaire générale sont le pilotage de la politique de transformation numérique de la Justice, la mise en œuvre du plan de transformation ministériel, la qualité du dialogue social ministériel et à la mise en œuvre de la stratégie ministérielle pluriannuelle de ressources humaines.

Au-delà des missions stratégiques, le secrétaire général s’assure de la qualité du service rendu par le secrétariat général dans les fonctions support qu’il exerce au profit de l’ensemble du ministère. Le poste exige de très fortes compétences managériales, une vision stratégique pour anticiper et conduire le changement en situation complexe, le sens du dialogue social, une très bonne connaissance des champs d’action du ministère et du fonctionnement de l’autorité judiciaire et de la gestion publique.