Le sous-directeur de la sécurité sanitaire des aliments est chargé du pilotage des actions visant à assurer, aux différents stades de la chaîne alimentaire, la maîtrise de la sécurité sanitaire des denrées alimentaires destinées aux consommateurs. Ces actions portent sur la veille sanitaire, l'élaboration et le suivi de la réglementation, la programmation, le suivi et l'évaluation des contrôles officiels relatifs aux conditions de production et de remise au consommateur des denrées alimentaires.

La sous-direction est composée de 44 agents répartis dans 3 bureaux à compétences sectorielles (abattage des animaux, transformation et distribution des produits d’origine animale, produits de la pêche et de l’aquaculture) et un bureau d’appui à la maîtrise des risques alimentaires.