La sous-direction des cultes et de la laïcité veille à l'application du principe de laïcité au sein des services publics et des règles relatives à l'exercice des cultes. Elle assure les relations de l'Etat avec les cultes et suit les affaires cultuelles, notamment l'application du régime concordataire dans les départements du Bas-Rhin, du Haut-Rhin et de la Moselle. Elle élabore les textes et prépare les décisions individuelles relevant de la compétence du ministre dans ces mêmes domaines. Elle exerce, dans son domaine de compétence, une fonction de conseil, d'expertise et d'assistance juridiques au profit des services centraux et des services déconcentrés du ministère, ainsi que des autres administrations. Elle assure le secrétariat du Comité interministériel de la laïcité.