La direction de la sécurité (DSEC) développe et maintient le système de management de la sécurité, de la qualité et de la sûreté de la Direction des services de la navigation aérienne (DSNA), prestataire de services de navigation aérienne.

La DSEC, sous-direction a une vingtaine d’agents : propose les évolutions pertinentes en matière de stratégie de sécurité, qualité et sûreté, cybersécurité ; assure la synthèse des indicateurs produits par la direction des opérations et la direction de la technique et de l’innovation ; alerte le directeur de la DSNA en cas de dysfonctionnement important et propose les recommandations nécessaires ;assure le maintien des conditions du certificat de prestataire de services de navigation aérienne et l’homologation des formations opérationnelles des agents de la DSNA pour ce qui concerne la conformité avec les exigences de la licence communautaire de contrôleur aérien ; oriente et s’assure de l’exécution des audits et inspections internes à la DSNA ; participe aux activités internationales : coopérations bilatérales avec les homologues européens de la DSNA, travaux de l’autorité européenne de sécurité aérienne, de l’organisation internationale Eurocontrol, du bloc fonctionnel d’espace aérien européen et de l’association internationale des prestataires de navigation aérienne ; organise le suivi des non-conformités et des recommandations en matière de sécurité, qualité et sûreté adressées à la DSNA par les autorités compétentes, notamment la Direction de la sécurité de l’aviation civile (DSAC) et le bureau enquêtes analyses de l’aviation civile (BEA) ; travaille aussi en coordination avec la direction du transport aérien et l’Agence nationale de la sécurité des systèmes d'information.