Le programme « sécurité et qualité sanitaire de l’alimentation » recouvre les politiques relatives à la politique de l’alimentation, de la santé des plantes et des animaux et au contrôle de la qualité sanitaire des produits agricoles et alimentaires. Le sous-directeur du pilotage des ressources et des services assiste le DGAL dans son rôle de responsable du programme et dans le pilotage des services de contrôle sanitaire. Il assure le pilotage de 5 bureaux et environ 60 agents.

Le SDPRS prépare les éléments de budget pour le projet de loi de finances et en assure l’exécution. Il pilote la gestion des indemnisations sanitaires en santé animale. Il répartit les moyens humains et financiers, a en charge le volet performance du programme et la mise en œuvre de la démarche de management par la qualité. Il coordonne l’application de la réglementation relative aux contrôles officiels et pilote la politique des laboratoires pour la réalisation des analyses officielles.  Il assure la maîtrise d’ouvrage des projets informatiques de la direction.