La sous-direction du travail et de la protection sociale est chargée de la législation du travail dans le secteur agricole et forestier et veille à son application. Elle est notamment chargée de la politique de santé et de sécurité au travail et anime le dialogue social au sein du régime agricole.

Elle prépare la politique de protection sociale en faveur des assurés du régime agricole et veille à sa mise en œuvre. Elle est chargée de la législation et de la réglementation en matière de prélèvements sociaux et d'assujettissement au régime agricole, ainsi que des différentes branches de la protection sociale (maladie, maternité, invalidité, décès, accident du travail et maladie professionnelle, prestations familiales et prestations vieillesse agricoles). Elle contribue aux lois de financement de la sécurité sociale et veille au financement du régime des non-salariés agricoles.

Elle assure la tutelle sur les organismes de mutualité sociale agricole, fixe leurs objectifs et moyens au travers de la convention d’objectifs et de gestion et en évalue la réalisation. Elle veille à la légalité des actes pris par ces organismes.

L’emploi implique de nombreuses relations avec l’ensemble des directions métiers du ministère, les ministères sociaux – direction de la sécurité sociale, direction générale du travail et direction du budget – ainsi que la caisse centrale de mutualité sociale agricole, et les partenaires sociaux du monde agricole et forestiers.