La sous-direction des affaires budgétaires et comptables est responsable de la préparation, de la programmation et de l’exécution du budget du ministère. Elle expertise les questions fiscales intéressant les secteurs agricole et forestier, et prépare les dispositions législatives ou réglementaires à caractère fiscal.

Elle assure le pilotage de la tutelle financière des 10 opérateurs de la mission agriculture,  pilote le contrôle interne ministériel financier et métier, co-pilote, avec le minstère chargé de l’environnement, les plate-formes régionales Chorus du bloc 2, et assure l’assistance ministérielle sur l’outil Chorus.

La sous-direction assure également l’exécution des dépenses et des recettes non-fiscales de l’administration centrale.

L’emploi implique de nombreuses relations avec l’ensemble des directions métiers du ministère et de ses services déconcentrés et territoriaux, avec les opérateurs, les autres services du secrétariat général, les équipes du contrôle budgétaire et comptable ministériel ainsi que différents ministères, notamment la direction du budget, la direction générale des finances publiques (DGFiP), le MTE.